Gert var Karl Otto och Lisen Bonniers femte barn, och den tredje sonen. Till skillnad från sina äldre bröder Tor och Åke valde Gert den akademiska banan och blev vetenskapsman och forskare.
Efter studenten fortsatte Gert Bonnier sina studier vid Stockholms högskola, där han tog en fil kand 1913. Tre år senare blev han filosofie licentiat i matematik. Därefter bytte han ämne till zoologi och doktorerade 1924. Då innehade han sedan tre år tillbaka en amanuenstjänst i zoologi vid Stockholms högskola.
År 1928 inrättades, med hjälp av donationer från Knut och Alice Wallenbergs stiftelse, Institutet för husdjursförädling, där Gert blev föreståndare. Uppgiften för institutet var att bedriva forskning inom avel av husdjur. Efter vetenskapliga studier i Frankrike och USA blev Gert den första innehavaren av den nyinrättade professuren vid Stockholms högskola i ärftlighetslära, eller genetik. Denna professur innehade han mellan 1936 och 1959. År 1945 invaldes Gert i Vetenskapsakademien.
Gert var en av pionjärerna inom genetisk forskning i Sverige, och studerande främst ärftlighetsförhållanden hos bananflugor. Han gjorde även betydande insatser inom statistiska tillämpningar på biologiska fenomen.
Trots sitt annorlunda yrkesval stod Gert inte helt utanför familjeföretaget. Han var till exempel mycket engagerad i Dagens Nyheter, framför allt under krigsåren. Dagens Nyheter tog under kriget ställning för samlingsregeringens agerande, med eftergifter till Tyskland. Tillsammans med yngre brodern Kaj var Gert en av tidningens främsta kritiker i denna fråga.
Gert gifte sig 1913 med Tony Romander, dotter till godsägaren Axel Romander och hans hustru Alma. Paret fick fyra barn: Agneta (1915), Jonas (), Martin (1928) och Joakim (1930), som blev världsberömd Formel 1-förare.
Läs mer om Gert i:
- Karl Otto Bonnier – Bonniers – En bokhandlarefamilj V
- Per Gedin – Litteraturens örtagårdsmästare – Karl Otto Bonnier och hans tid
- Staffan Sundin – Från bokförlag till mediekoncern – Huset Bonnier 1909-1929
- Staffan Sundin – Bonniers – en mediefamilj – Konsolidering och expansion 1930-1954
- Tor Bonnier – Längesen
- Åke Bonnier- Bonniers – en släktkrönika