När Isidor Bonnier var 19 år gammal avled hans far Adolf. Isidor fick nu överta driften av faderns bokhandel och förlag. Det var genom Isidor som familjen Bonnier knöt de första kontakterna med August Strindberg.
När Isidor Bonnier var drygt 19 år dog Adolf och lämnade efter sig bokhandeln och förlaget till fru och barn. Förlaget var vid denna tidpunkt i det närmaste konkursmässigt, men efter en rekonstruktion kunde de driva det vidare. Isidor var då elev vid Stockholms Lyceum, men var tvungen att sluta studierna i förtid.
Sju år senare gick även Isidors mor bort, och han blev ensam ägare till bokhandeln i Norrbrobazaren och Adolf Bonniers förlag. Han sålde bokhandeln tämligen omgående, vilket innebar att det inte längre fanns kvar någon bokhandel med Bonniers namn, varken i Köpenhamn, Göteborg, Uppsala eller Stockholm. Isidor drev förlaget vidare, som även fortsättningsvis gick under firmanamnet Adolf Bonnier, kungl. hov- och universitetsbokhandlare.
Isidors första projekt var att ge ut nya upplagor av böcker som förlaget redan hade rättigheterna till. År 1869 började han ge ut Bellmans skrifter. Därefter följde verk av bland annat Anna Maria Lenngren, Karl August Nicander och Erik Johan Stagnelius. Han lyckades också 1880 på nytt förvärva rätten till Emilie Flygare-Carléns böcker.
Isidor introducerade också ett författarnamn i familjen. När Isidor studerade vid Stockholms Lyceum var han under många år klasskamrat med Johan August Strindberg.
År 1871 hade Strindberg författat en tävlingsskrift för Svenska akademien, sorgespelet Hermione. Han erinrade sig då att hans tidigare skolkamrat Isidor Bonnier drev ett förlag och lämnade manuskriptet till honom. Det publicerades, dock anonymt. Sedan dröjde det flera år innan de åter fick kontakt. Isidor hjälpte bland annat Strindberg ekonomiskt genom att ge honom korrekturuppdrag. År 1880 kom också Isidor och Strindberg överens om att ge ut en samlad upplaga av allt vad Strindberg tidigare skrivit, förutom Röda Rummet som han fått sitt genombrott med på annat förlag. Efter skandalen med Giftas var det också Isidor som, i största hemlighet, gav ut andraupplagan.
Förutom förläggare var Isidor under många år redaktör för Svensk bokhandelstidning och har skildrat den svenska bokhandelns historia i Anteckningar om svenska bokhandeln. Dessutom var han en hängiven samlare av Bellmaniana.
Isidor gifte sig den 3 oktober 1887 med Alice Amigo och paret fick två barn, Inez (1890) och Renée (1891). År 1904 sålde Isidor bokförlaget till sin kusin Karl Otto Bonnier och det införlivades i Albert Bonniers Förlag. Efter försäljningen lämnade Isidor yrkeslivet. Han avled 1925.
Läs mer om Isidor i:
- Karl Otto Bonnier – Bonniers – En bokhandlarefamilj III
- Karl Otto Bonnier – Bonniers – En bokhandlarefamilj IV
- Per Gedin – Litteraturens örtagårdsmästare – Karl Otto Bonnier och hans tid
- Staffan Sundin – Från bokförlag till mediekoncern – Huset Bonnier 1909-1929
- Åke Bonnier – Bonniers – en släktkrönika